Dès l'arrivée des combattants jihadistes, plus de 200 habitants de la ville qui sont rassemblés et capturés. Selon l'Observatoire syrien des droits de l'homme (OSDH), l'organisation de l'Etat islamique disposait d'une liste de personnes accusées d'avoir collaboré avec le régime de Bachar el-Assad. Parmi elles, quelque 170 sunnites et plus de 60 chrétiens.

Monseigneur Mario Zenari, le nonce apostolique de Damas, se dit inquiet pour les habitants d'al-Qaryatayn mais aussi pour les chrétiens des villages alentour. « Beaucoup de familles qui vivaient en dehors de la ville se sont déplacées vers d’autres villages chrétiens comme Sadad ou vers Homs, affirme-t-il. On espère que la chose va être réglée et bien se terminer. On espère et on prie ».

En Syrie, la localité d'al-Qaryatayn était emblématique de la coexistence pacifique entre les chrétiens et les musulmans. En pleine guerre civile, le monastère Mar Elian avait accueilli plus de 700 musulmans venus de Homs. Avant la guerre, la ville comptait environ 2 000 chrétiens. Il n'en resterait plus que 200 après l'assaut de l'organisation Etat islamique.